Blant mikrobene, hvis verden er stor og ikke fullt ut forstått, er det både skadelige og til og med farlige og nyttige, som mennesket og andre levende ting ikke kan klare seg uten. I Avoid The Germs vil du hjelpe en liten sitronfarget mikrobe til å overleve i en farlig verden. Han prøver å rense kroppen for rusk så mye som mulig, men på dette stadiet trenger han hjelp, fordi onde store røde mikrober har dukket opp. De vil jage ungen og prøve å sluke den stakkaren, og det avhenger av deg hvor lenge han vil vare i Avoid The Germs.
