Den muntre rørleggeren Mario befant seg igjen i en parallell verden. Helten vår trenger å finne et portalhjem, og du vil hjelpe ham i dette spillet i Super Chafa Mario Run. Helten din må løpe gjennom mange steder og utforske dem. På veien blir det hull i bakken og ulike typer hindringer. Når karakteren din er i en viss avstand fra et farlig sted, må du få ham til å hoppe og fly over faren gjennom luften. Det er aggressive skapninger i denne verden. Du må unngå å møte dem. Hvis helten din berører minst én av dem, vil han dø. På veien kan du hjelpe Mario med å samle gullmynter og andre nyttige gjenstander spredt over alt.