Den hemmelige agenten, med kodenavn #46, må utføre en rekke oppdrag rundt om i verden i dag. Du i spillet Super Spy Agent 46 vil hjelpe ham med dette. Ved å velge et oppdrag, vil du finne deg selv i et bestemt område. Ved å bruke kontrolltastene får du helten din til å bevege seg fremover. Se deg nøye rundt. Så snart du legger merke til fienden, sikt våpenet ditt mot ham og fange ham i siktet. Når du er klar, åpner du ild for å drepe. Ved å skyte nøyaktig, vil du drepe fiender. For dette vil du få poeng. Etter en fiendes død kan trofeer falle ut av ham. Du må samle disse gjenstandene. De vil hjelpe helten din å overleve og vinne flere kamper.
