Den eldre ninjamesteren Kyoto bestemte seg for å gi seg selv en ferdighetstrening. Du i spillet Fruit Ninja vil bli med ham i dette. Et rom der karakteren din vil være vil vises på skjermen foran deg. På et signal vil frukt begynne å fly ut fra forskjellige retninger. De vil gyte i forskjellige høyder og fly med forskjellige hastigheter. Din oppgave er å kutte alle disse fruktene i biter. For å gjøre dette, se nøye på skjermen. Så snart fruktene dukker opp, er det bare å begynne å flytte musen over dem. Dermed vil du kutte frukten i biter og få poeng for den. Men vær forsiktig. Bomber kan ligge på lur blant fruktene. Hvis du berører dem, vil en eksplosjon oppstå og du vil miste nivået. Deretter må du begynne på nytt med passasjen av Fruit Ninja-spillet.