The Mushroom Kingdom har lidd av en romveseninvasjon. Fremmede roboter går langs plattformene og gatene og truer alle innbyggere med jernklørne. Mario er den eneste som er i stand til å motstå angriperen, han har allerede spist sopp, blitt en stor Super Mario, bevæpnet seg med en hammer og steiner og er klar til å kjempe. Hjelp helten, han vil bevege seg ganske raskt, og ved å trykke på de valgte knappene i nedre høyre hjørne, få ham til å enten kaste stein eller slå fiendens hode med en hammer. Det er bedre å kaste stein på større roboter. Og for små er det nok med et kraftig slag mot hodet i Super Mario Run.
