En gruppe romvesener ankom planeten vår fra verdensrommet for å samle prøver og stjele dyr og mennesker for eksperimenter. Du i spillet Aliens Vs Math vil redde mennesker og dyr fra fangenskap. Foran deg på skjermen vil det være en lysning som det vil være en ku på. Over den vil en fremmed UFO sveve i luften. Du må skyte ham ned med kanonene dine. For at våpenet skal skyte et skudd, må du løse en viss matematisk ligning som vil vises foran deg på skjermen. Etter at du har blitt kjent med ligningen ved hjelp av et spesielt numerisk panel, må du skrive svaret. Hvis den er gitt riktig, vil du skyte kanonen og skyte ned UFO.