Det er nok skurker i Gotham, og så snart Batman klarer å håndtere en, dukker det opp en ny, mer oppfinnsom og farlig. Denne gangen i Batman Color Fall dukket det opp et ukjent geni som bestemte seg for å ødelegge elven som renner gjennom byen. Han har til hensikt å dumpe tonnevis med giftig flerfarget væske i vannet, som vil drepe alle levende ting, og en skummel sump vil dukke opp i stedet for elven. Den giftige væsken er allerede hellet i sisterner, som ligger forskjellige steder over elven. Batman klarte å finne dette geniet og håndtere ham, men nå må han tømme den fargede væsken og ta den så langt fra byen som mulig. Kjør båtene og tøm løsningene ved å åpne de nødvendige spjeldene. Fargen på væsken må matche fargen på båten i Batman Color Fall.
