Piratenes mål er gyldne piastre, og jo flere, jo bedre. En enorm fregatt med et lag pirater om bord under Jolly Roger -flagget flytter til en liten øy der kister med gullmynter er gjemt. Kapteinen ønsker å hente dem og trekke seg tilbake, og dele dem mellom besetningsmedlemmene. Men da vi nærmet oss øya, dukket det plutselig opp en merkelig klynge med flerfargede bobler Bubble Shooter Pirates 3, og piastre gnistret mellom dem. Piratene likte ikke dette i det hele tatt, og de bestemte seg for å skyte bobler for å hente gullet. Juster kanonen din og skyte. Hvis tre eller flere bobler av samme farge kommer sammen, vil de sprekke i Bubble Shooter Pirates 3.
