En hær av monstre invaderte kongeriket til de små tre-nissene. I Fruit Legions: Monsters Siege vil du lede forsvaret av riket. Ved hjelp av en spesiell verktøykasse må du dyrke spesielle militære blomster. Etter det, må du undersøke veien langs som hæren av monstre beveger seg. Langs den, på strategisk viktige steder, må du plassere disse blomstene. Så snart monstrene vises, vil blomstene dine aktivere og begynne å skyte på dem. Ved å ødelegge monstre, vil du motta poeng. Etter å ha samlet en viss mengde av dem, kan du dyrke nye, kraftigere blomster.