En modig samurai ved navn Kyoto bor i pikselverdenen. I dag må helten vår reise til avsidesliggende områder i landet sitt og bekjempe forskjellige kriminelle der. Du i spillet Pixel Samurai vil hjelpe ham i dette. Samurai-en din vil være synlig på skjermen foran deg, som ligger i et bestemt område. Ved å bruke kontrolltastene får du ham til å løpe fremover. Se nøye på skjermen. På veien til helten din vil forskjellige hindringer og hull i bakken dukke opp. Når karakteren din er i en viss avstand fra dette farlige området, må du få ham til å hoppe. Dermed vil helten din fly gjennom luften gjennom denne faren og kunne fortsette på vei.
