Vanligvis er spillverdenen lojal mot alle som vil lære å fly og prøver seg på å fly. Men i Flappy Annihilation 2 vil alt være det motsatte. Du har bygget en spesiell tilintetgjørelse som er designet for ikke å savne en eneste flygende skapning. To kraftige kolonner, en nederst og den andre øverst, når du trykker på skjermen, konvergerer og kobler til med kraftig lyd. Alt som kommer mellom dem blir til blodig kjøttdeig. Din oppgave er å resirkulere alle kyllingene som forestilte seg å være flygende fugler. Dette blir deres siste flytur. Hvis du savner tre kyllinger, slutter spillet, og poengene dine i Flappy Annihilation 2 vil bli husket for alltid.