En skapning som heter Pixelmon bor i Minecraft-verdenen. På en eller annen måte dro helten vår til de mest avsidesliggende regionene i landet for å bosette seg her og bygge en liten by. Du i spillet Pixelmon Craft vil hjelpe ham i dette. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din, som er på et bestemt sted. På siden av det vil et lite kart være synlig med ikoner som indikerer plasseringen av forskjellige ressurser. Helten din må besøke alle disse stedene og skaffe seg disse ressursene. Deretter, ved hjelp av et spesielt kontrollpanel, vil du starte byggingen av forskjellige bygninger for å imøtekomme helten vår. Du kan også lage nye verktøy og våpen.
