En modig ninja-kriger ved navn Kyoto ble med i den hemmelige divisjonen i landet hans. Hans oppgave er å eliminere mafias sjefer. I dag i spillet Stealth Master 3D vil du hjelpe ham med å utføre forskjellige oppgaver. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din, som er i bygningsrommet med et våpen i hendene. Bevæpnede vakter vil gå rundt gulvet. Du vil bruke kontrolltastene til å kontrollere handlingene til karakteren din. Du må gjøre det slik at han sniker seg opp til fienden og deretter slår med sverdet. Dermed vil du drepe fienden og få poeng for det. Din oppgave er å fjerne hele gulvet fra vaktene på denne måten og drepe sjefen.
