På en liten gård nær skogen bor en hane med navnet Thomas sammen med familien. En dag gikk han i en lysning nær gården, og la merke til hvordan en portal åpnet seg i luften og kyllingegg begynte å strømme ut av den. Vår helt bestemte seg for å redde dem alle. Du i Eggcellent Equations vil hjelpe ham med dette. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din holde en kurv i hendene. Egg vil falle fra himmelen til jorden. Hvis til og med en av dem berører bakken, vil den gå i stykker og du mister runden. Bruk derfor kontrolltastene til å få helten til å bevege seg rundt ryddingen og erstatte en kurv under eggene. Dermed vil han fange de fallende eggene, og du vil få poeng for dette.
