En ung gutt Kyoto sluttet seg til ninjakrigernes hemmelige orden. Han ble sendt til fjellene til et spesielt tempel der akademiet ligger, hvor alle begynnelseskrigene blir trent. I dag har helten vår en treningsøkt, og du vil hjelpe ham til å lede ham i Ninja Academy-spillet. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din, som står på gårdsplassen til tempelet. Et spesialpanel med kontrolltaster vil være plassert under det. Med hennes hjelp vil du lede handlingene til helten din. Objekter vil dukke opp foran ham fra forskjellige sider. Du som leder helten, må påføre dem nøyaktige slag med hjelp av hender eller føtter. Hver nøyaktige hit vil gi deg et visst antall poeng. Etter å ha trent slagene, vil du gå videre til å trene forskjellige teknikker.
