Krig brøt ut mellom de to ordrene til ninjaene. Du i spillet Ninja Versus Ninja vil delta i denne konfrontasjonen. I begynnelsen av spillet må du velge karakteren din. Under den vil du få våpen og ammunisjon. Etter det vil helten din være i et bestemt område. Motstanderen din vil være i motsatt ende av stedet. Ved signalet må du bevege deg i retning hans. Så snart du nærmer deg, begynner duellen. Du kan slå med sverdet eller bruke kastevåpen. Din oppgave er å drepe fienden så raskt som mulig og få poeng for det. Han vil også angripe deg. Du må unngå slagene hans eller blokkere dem med sverdet ditt.
