En liten gruppe urettmessig dømte fanger bestemte seg for å arrangere et jailbreak. I spillet Prison Break 3D vil du hjelpe dem med å få gratis. Foran deg på skjermen vil du se gruppen din stå i korridoren til fengselet. De klarte å åpne låsen og komme seg ut av cellen. Nå må du veilede dem langs en bestemt rute. Du kan kontrollere handlingene deres ved hjelp av kontrolltastene eller musen. Celler er installert i fengselslokalene, samt vakter. Du må vurdere dette. Ruten din må være utenfor kameraets overvåkingsområde. Du bør heller ikke bli fanget av vaktene. Hvis dette skjer, vil det bli alarmert i fengselet og fangene dine blir fanget.
