Den modige ridderen Thomas går i dag til de avsidesliggende områdene i riket for å rydde forskjellige typer fangehull fra monstre. Du i spillet Hexa Dungeon vil hjelpe ham i dette eventyret. En fangehullshall vises på skjermen foran deg der helten din og motstanderen hans vil være. Nederst på spillefeltet vil ikoner i forskjellige farger være plassert. Hvert ikon er ansvarlig for en bestemt handling av ridderen. Hvis du for eksempel vil utføre et kraftig angrep på fienden, så se etter de tilsvarende fargeikonene som står ved siden av. Ved å koble dem med en linje, vil du tvinge helten din til å angripe og skade fienden.
