Munter og modig rørlegger Super Mario i dag bestemte seg for å hjelpe kongen og redde prinsessen som ble kidnappet av den mørke tryllekunstneren. Du i Super Mario Advance må hjelpe ham med dette. Karakteren din vil være synlig på skjermen foran deg, som vil være på et bestemt sted. Ved å bruke kontrolltastene får du ham til å løpe fremover og samle forskjellige gjenstander og gullmynter spredt over alt. På vei vil du komme over hull i bakken og forskjellige typer feller, som Mario, under din veiledning, må hoppe over. Du vil også komme over forskjellige monstre. Helten din kan drepe dem hvis han hopper på hodet på dem. For å drepe hvert monster får du poeng.
