En ung fyr ved navn Tom, som hadde en ryggsekk på skuldrene, dro til en nabolandsby på en klar dag for å besøke sine slektninger. Men her er trøbbelet på veien, han falt i en anomali, som kastet ham gjennom portalen til en ukjent verden. Nå trenger helten din å finne veien hjem, og i spillet Portal 2D vil du hjelpe ham i dette. Foran deg på skjermen vil du se et bestemt sted der helten din skal være. Du blir nødt til å veilede ham til et visst punkt. På vei vil du komme over forskjellige feller og hindringer som helten din må overvinne. Du må også samle forskjellige ting spredt overalt.