Flere UFO-er fra forskjellige raser av romvesener dukket opp over en av de store amerikanske byene. Det oppstod en konflikt mellom dem der du er i FlyUFO-spillet. io bli involvert med andre spillere. Hver av dere vil ha en UFO i kontroll. Du må bruke kontrolltastene for å få flyet til å fly over byen og samle forskjellige eksempler på jordisk sivilisasjon. Hvis du kommer over UFOer fra andre spillere, kan du begynne å jage dem. Når du nærmer deg dem raskt, vil du ramme motstanderens UFO og få poeng for det.
