I en fjern fantastisk verden lever skapninger som Pokemon. De er delt inn i grupper som tilber naturåndene. En gang utførte tilbedere av ild og vanns ånder et ritual og innkalte disse guddommelige enhetene til denne verden. Men de viste seg å være veldig onde ånder og kom ut av kontroll. Nå er hele planeten i kaos og naturkatastrofer skjer stadig. Du i spillet Pokemon Emerald Version må kjempe mot dem. Foran deg på skjermen vil du se et bestemt område der karakterene dine vil være. De vil angripe for eksempel ildens ånd. Du vil lede handlingene deres ved hjelp av et dedikert kontrollpanel. Med hjelpen vil du tvinge Pokémon til å bruke forskjellige magiske staver som de vil skade motstanderen deres med.