Undying Contra inspirerte skaperne av Rogue Trigger-spillet med ideen om nye eventyr til en modig ensom kriger som til det beste av sine beskjedne krefter bekjemper verdensterrorisme. Han må infiltrere en fiendtlig militærbase. Der det utvikles hemmelige biologiske våpen. I følge etterretning blir det utført eksperimenter der på dyr, som er rettet mot å gjøre lydige soldater ut av dyr og bruke dem mot fiender. Vår helt må infiltrere basen og knuse den i stykker. Men tilnærmingene til objektet er godt bevoktet. Du må møte dusinvis av godt trente krigere. De vil skyte fra alle kanter, og bare smidighet, fingerferdighet, bevegelseshastighet og nøyaktig skyting vil hjelpe karakteren å overleve og fullføre oppgaven.
