På en av øyene i Stillehavet fantes en hemmelig regjeringsbase der forskere utførte eksperimenter på mennesker. Men problemet er at testpersonene brøt seg løs og ødela det meste av basepersonellet. Noen av forskerne klarte alle å flykte og låste seg inne i kantinen på basen. I Cry Islands-spillet må du gå inn på øya og ødelegge alle mutanter. Helten din blir kastet av med helikopter i en bestemt del av øya. Med våpen klar, må du gå videre og se deg nøye rundt. Så snart du merker fienden, må du rette våpenet mot fienden og åpne ild for å drepe. Hvis du skyter nøyaktig på fienden, vil du ødelegge ham. For hvert drap får du et visst antall poeng.
