En gutt som heter Jack er en kjent mobber i byen som stadig maler veggene i bybygningene. En gang kom han til stasjonen og begynte å male et nytt bilde der. For dette ble han fanget av en politimann, og nå må fyren vår løpe fra ham. I Rail Runner vil du hjelpe Jack på dette eventyret. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din, som løper langs jernbanesporene som gradvis får fart. Ulike hindringer vil oppstå på veien. Når helten din er i nærheten av en av hindringene, må du bruke visse kontrolltaster. Så vil helten din hoppe og fly over dette hinderet. Hvis du ikke har tid til å reagere, vil han krasje inn i henne på flukt og bli skadet.
