Mange barn lider av ulike sykdommer i barndommen. Derfor tar foreldrene dem ofte til sykehuset der de blir behandlet. I Happy Doctor Mania vil du jobbe som lege på et av byens sykehus. Barn blir tatt med til avtalen din i dag. Etter å ha valgt en pasient, vil du finne deg selv sammen med ham på kontoret. Først og fremst må du undersøke pasienten for å diagnostisere sykdommen. Når du gjenkjenner det, vises et spesielt kontrollpanel. Med hjelpen kan du bruke forskjellige typer medisinske instrumenter og medisiner. Ved å utføre visse handlinger konsekvent, vil du helbrede pasienten og gå videre til neste pasient.