Den modige ninja Kyoto fikk en oppgave fra sjefen for sin ordre om å trenge gjennom det bevoktede godset til en aristokrat og stjele hemmelige dokumenter derfra. Du i spillet Endless Ninja vil hjelpe ham med å fullføre dette oppdraget. Karakteren din vil bevege seg på veien gradvis og få fart. På vei vil komme over forskjellige typer feller. Helten din som nærmer seg dem, må hoppe under din veiledning. Dermed vil han fly gjennom lufta gjennom disse farlige delene av veien. Noen ganger vil du komme over forskjellige slags gjenstander og mynter spredt overalt. Du må prøve å samle dem alle sammen.
