I det magiske riket brøt det ut en krig mellom de to mørke magikerne. Du i spillet Clash Of Skulls blir med en av dem og hjelper til å beseire fienden. Du vil se to låser på skjermen. Du vil eie en av dem. Nedenfor ser du et spesielt kontrollpanel med ikoner. Ved å klikke på dem vil du ringe inn hærskjelett-soldatene dine. De vil være bevæpnet med forskjellige typer våpen. Du må beseire fiendens hær og deretter ødelegge slottet hans til bakken.