I den andre delen av Virus Ninja 2-spillet vil du hjelpe en modig ninja-kriger bekjempe forskjellige virus. Før du på skjermen vil det være et spillefelt som forskjellige bakterier vil vises på. De vil bevege seg i forskjellige retninger og i forskjellige hastigheter. For å ødelegge dem må du bruke et sverd. Se nøye på skjermen og kjør gjenstander med musen. Dermed vil du slå på bakteriene og hugge dem i biter. Noen ganger kan det vises bomber blant disse gjenstandene. Du skal ikke svinge dem.
