I en fjern fremtid utviklet forskere et spesielt miniatyrskip som det var mulig å ødelegge forskjellige slags virus med. Du i spillet Virus Hunter vil kontrollere det. Før du på skjermen vil du se menneskekroppen som enheten ligger i. Han vil fly fremover gradvis og få fart. På vei vil det oppstå forskjellige bakterier. Du må skyte nøyaktig fra spesialverktøy for å falle inn i disse bakteriene og dermed ødelegge dem.
