I en fjern galakse brøt det ut en krig mellom de to fremmede løpene. Du i spillet Clash Of Aliens blir med en av dem og vil kommandere hæren. Flåten din må delta i kampen mot skvadronen til fiendens skip. Du vil se hovedskipet ditt foran deg på skjermen. Under det vil være kontrollpanelet. Med det vil du sende pilotene dine til kamp på skipene deres. De som angriper fienden vil ødelegge dem, og for dette vil de gi deg poeng.
