Den modige ninja-krigeren entret fiendens territorium. Helten din må stjele hemmelige dokumenter fra slottet til en av aristokratene. Du i spillet Ninja Runner må hjelpe ninja-krigen for å komme til den i integritet. Helten din vil løpe langs en bestemt rute langs veien. Det vil være lokalisert forskjellige hindringer og feil. Du må gjøre det slik at han hopper over alle disse farene. På veien kan du prøve å samle forskjellige gjenstander og gullmynter spredt overalt.
