Den gale professor Thomas gjennomfører igjen eksperimenter i det hemmelige laboratoriet sitt. Et mislykket forsøk på å blande forskjellige kjemikalier forårsaket en eksplosjon og baller fylt med giftgass dukket opp i luften. Etter hvert fyller de rommet. Du i spillet Professor Bubble Shooter vil måtte hjelpe forskeren å kvitte seg med dem. For dette vil helten vår bruke en spesiell kanon som skyter enkeltladninger. Du må finne en klynge med bobler i samme farge og slippe en ladning med nøyaktig samme farge gjennom dem. Dermed vil du ødelegge dem og få poeng for det.
