I det nye Ninja vs Ninja-spillet, vil du reise til verden der folk i boksen bor. Det er en krig mellom de to ordrene til ninjaen, og du vil bli med i en av dem. Karakteren din er en rød boksemann. Han vil være i rommet der motstanderen hans er blå. Mellom dem vil være plassert forskjellige hindringer og feller. Du må lede din karakter gjennom alle disse farene og angripe motstanderen din. Ved å bruke forskjellige kastevåpen ødelegger du fienden og får poeng for det.
