På din Flappy Submarine-ubåt, må du dra til territoriet til en annen stat og gjennomføre ubåtrekognosering. Før du på skjermen vil du se havbunnen langs hvilken ubåten din gradvis får fart. At hun fløt i en viss høyde under vann, må du klikke på skjermen med musen. På ruten til ubåten din vil falle i forskjellige feller. Du må omgå dem og unngå kollisjoner med dem.
