I det nye Mr Ninja Fighter-spillet drar du til det gamle Japan og hjelper den modige ninja-krigskampen mot gjenger av ranere. Karakteren din vil måtte dra til avsidesliggende provinser i landet og ødelegge alle gjengene av kriminelle der. Før du på skjermen vil karakteren din bevæpnet med et sverd være synlig. Han vil løpe fremover langs stien. På vei vil falle forskjellige fall i jorden og feller. Du må bruke kontrolltastene for å få karakteren din til å hoppe over dem alle. Når du møter fienden, slå ham med sverdet ditt og ødelegg fienden.
