I en fjern fremtid har forskere lært å redusere objekter til mikroskopiske størrelser. I spillet Spore Hunter bestemte de seg i dag for å sende piloten på et spesialfly for å utforske mikroverdenen. Helten din vil måtte fly langs en bestemt rute og utforske denne verdenen. Dyr bestående av sporer vil angripe helten vår. De angitte numrene vil være synlige i dem. De betyr hvor mange treff du trenger å gjøre for skapningen for å ødelegge den. Du smart manøvrering på skipet ditt vil skyte på det fra våpenet ditt og ødelegge sporer.
