I historien om Secret Lagoon møter du Paul. Han er en tredje generasjon sjømann og reiser ofte på sin lille båt under seil. Helden elsker å utforske nye steder, på lange reiser. Denne gangen var han fabelaktig heldig, han fant en lagune, som ikke er merket på noe kart. Det virket rart, fordi det var praktisk talt ingen hvite flekker, hele øya ble merket og undersøkt, og av en eller annen grunn savnet de denne lagunen. Kapteinen skal anker og undersøke stedet i detalj. Han vil finne ut av de funnet gjenstandene som var her foran ham og hvorfor det er nå øde.
