En liten grønn alien som reiser rundt galaksen for å oppdage nye planeter, falt i anomali. Nå i spillet Aliens Bubble Shooter trenger å hjelpe ham med å redde sitt liv og bevare skipets integritet. Din karakter vil se en barriere i form av flerfargede kraftbobler som beveger seg i retning av skipet. Du må ødelegge dem og rydde veien. For å gjøre dette vil du bruke den luftbårne kanonen til å skyte spesielle skall. De vil også ha farge. Når en prosjektil treffer en viss farge i nøyaktig samme fargeboll, vil du blåse dem opp og du får poeng.