I den fjerne framtid angrep utlendingene landet og forsøkte å gripe det. Nå må mange kjempe for deres overlevelse. Du i spillet Ninjuzi vil hjelpe den modige Ninja-krigen å avvise angrepet av roboter som ønsker å fange flere byblokker. Din helt vil være bevæpnet med et skytevåpen. Når roboter angriper ham, må du sikte mot våpenet mot fienden og ødelegge dem med godt målrettede skudd. Hvis et objekt faller ut av fiender, må du plukke det opp.
