Når hellish porter hadde klart å låse opp, men onde ånder forlot ikke håp om å frigjøre seg igjen og de lyktes etter mange år. Denne gangen åpnet de en portal på Mars i håp om at mennesker ikke umiddelbart kunne finne den. Men Mars har allerede blitt kolonisert, mange biologiske laboratorier har avgjort det, og en masse forskere har jobbet, alle har blitt utsatt for det grusomme angrepet av monstre. Din feiende lag må ødelegge monstrene i Doom 3, og du trenger ikke å oppleve. Gå til den røde planeten og vær forsiktig, monstrene er blitt smartere og sterkere.
