Ninja skilpadder returnerte fra deres neste oppdrag og fant ut at deres lærer Splinter manglet. Et skildpadde hadde allerede trosset flere onde planer, og den usynlige fienden bestemte seg for å ta hevn grusomt ved å kidnappe deres sensei. Velg tegnet som først går til slaget med mutanter. De vil bli hjulpet i april, hun eier mesterlig en grønn baseball magisk flaggermus.
