I det gamle Japan var det to sterke militære ordrer. Disse var samuraien og deres evige motstandere av ninjaen. Det har alltid vært en krig mellom dem, og vi i spillet Samurai Fighter vil bli med denne konfrontasjonen på siden av samurajen. Din karakter må gå inn i templet til en av ninjaens ordrer og ødelegge hodet. De vil angripe deg som prøver å drepe. Når du slår en serie slag og spark, må du kjempe tilbake. Du kan få objekter du kan bruke som et våpen i kampene dine.