I spillet Jump Box Ninja, kommer vi inn i verden hvor boksens folk bor. Selv i denne verden er det en kaste av ninja-krigere, vi vil bli kjent med en av dem. Denne krigeren vil i dag gå gjennom en dødelig hindring for å bli en kampsportmester. Du vil se helten din på skjermen. Fra forskjellige sider vil hoppe ut skarpe spyd, som når du slår i vår karakter, bare drepe ham. Du må nøye gjette øyeblikket og få tegnet til å hoppe. Dermed vil han fly over farlig territorium og du vil gå videre.
