Langt i rommet, i omkretsen av et av planetene, var et romskip der det var et laboratorium der eksperimenter ble utført på forskjellige dyr. De ble injisert med fremmed DNA og så på som de forandret seg. Som med basen forsvant forbindelsen, og soldatene ble sendt fra Star Assault. Vi blir en av dem i spillet Attack on the Mothership. Vår karakter er bevæpnet med en standard ammunisjon. Hans oppgave er å trenge inn i skipet og finne ut hva som skjedde der. Som det viste seg, ble hele mannskapet til monstre, og nå må du gå inn i kamp med dem. Ved hjelp av våpnene dine må du raskt og effektivt ødelegge alle monstrene du vil møte på dekk på skipet.
