På et av planeter hvor jordens koloni slo seg ned, kom romvesenene fra det ytre rom. De bosatte sig på et annet kontinent og bestemte seg til slutt for å fange hele planeten. Mellom de to løpene brøt krigen ut og du i spillet Fuse Cell som en pilot av kamproboten ta del i det. Du må gå inn i fiendens territorium og ødelegge kontrollpunktet. På vei kommer det å flyve fiendtlige roboter og deres grunninstallasjoner. Du blir stadig avfyrt. Du må manøvrere manøvrering gjennom luften hele tiden for å skyte på fienden og ødelegge dem. Men her er det trøbbel byrden på våpnene dine kan ende. Derfor må du bruke spesiell lyn for å fange visse gjenstander og dermed fylle på ladningen av våpnene dine.
