Det er en kult, der unge gutter lære kunsten av ninja. Dette er en veldig vanskelig bane, som krever ikke bare en god fysisk forberedelse, men også heltemot. For å overholde alle lover i koden ninja, kan ikke alle. Ninja Boy spillet, vil du bli introdusert til Kuhn, en gutt som bestemte seg for å vie sitt liv til ninja-koden. I går ble angrepet på skolen sin. Angriperne er ikke mennesker, og noen svært merkelige monstre. De stjal alle skattene i ninja skolen. Nå, bare Kun kunne gjenopprette stjålet, men han trenger din hjelp. Du må veilede ham slik at han, med et minimum antall trekk, drepe monstre og skatter returnert.
