I nåværende kriger er det lagt vekt på moderne teknologi, og missiler av forskjellige rekkevidde er av spesiell verdi. De blir mer nøyaktige og mer destruktive, og du må kontrollere noen av typene missiler i Boom Missile 3D. Oppgaven er å treffe målet på øya. Etterretning rapporterte, og partisanene justerte målet. Alt du trenger å gjøre er å sikte missilet og manøvrere, siden fienden vil prøve å skyte det ned på noen måte. Alt som flyr mot deg er en trussel, selv ufarlige ballonger. Unngå og beveg deg mot målet til en stor bada-bom oppstår. På hvert nivå vil du treffe mål med ulik vanskelighetsgrad i Boom Missile 3D.