Jernbanen er en av de billigste og mest populære transportformene. I Railroad Crossing 3D vil du kunne kjøre en jernbaneovergang. Dette er stedet hvor skinnene krysser motorveien. I slike kryss er det fare for kollisjon, så det er montert spesielle bommer der. Du vil administrere dem for å sikre trafikksikkerhet. I nedre venstre og høyre hjørne er trafikklys som må byttes, avhengig av togbevegelsen. En rød pil vil advare deg om den nært forestående tilnærmingen av toget, som vil vises direkte på skinnene, og indikerer hvor toget vil bevege seg fra. Lukk bommene ved å klikke på begge trafikklysene for å stoppe bilene fra å bevege seg mens toget beveger seg i Railroad Crossing 3D.