En modig samurai ved navn Jack er medlem av en hemmelig orden som beskytter freden i vår verden mot forskjellige monstre fra parallelle universer. En dag klarte flere monstre å bryte gjennom tidsportaler inn i vår verden. Nå må helten vår reise ved hjelp av en spesiell amulett i henhold til disse tidene. Der må han finne monstrene og ødelegge dem. Du i spillet Samurai Jack: The Amulet Of Time vil hjelpe samuraiene i disse kampene. Foran deg vil karakteren din være synlig på skjermen, som vil være plassert i et bestemt område. Foran ham vil du se et monster. Ved å bruke kontrolltastene må du tvinge helten din til å angripe fienden. Ved å slå med et sverd vil du ødelegge fienden og få poeng for den.